In Passau befinden sich drei Teilstätten des Welterbes Donaulimes. Das sind einerseits die nicht mehr sichtbaren Siedlungsspuren vom 1. bis ins 5. Jh. unter dem ehemaligen Kloster Niedernburg, andererseits das spätrömische Kastell Boiotro, östlich des Inn, sowie der ebenfalls spätantike Wachtturm (burgus) in Haibach.

Die Landzunge zwischen Donau und Inn hat mit ihrer  günstigen Lage schon früh Menschen angelockt. Vermutlich schon in der Mitte des 1. Jhs. wurde ein Kastell errichtet. Es diente zum Schutz der neu eingerichteten Grenze an der Donau. Es wurde aber im 2. Jh. aufgelassen und von einer Zivilsiedlung (vicus) überbaut. Eine erneute Umstrukturierung der Siedlung erfolgte im späten 3. Jh.. Grund dafür war vermutlich ein Brand. Gegen Ende des 4. Jhs. wurde am Platz der heutigen Heilig-Kreuz-Kirche ein mächtiger rechteckiger Steinbau errichtet (Innenmaße ca. 24 x 14 m), mit innen stehenden Pfeilerreihen, vermutlich ein Speicherbau (horreum).

Am rechten Innufer, kurz vor dem Zusammenfluss von Donau und Inn, liegt das spätrömische Kastell Boiotro. Es wurde erst im Herbst 1974 während Bauarbeiten für einen Kindergarten entdeckt und daraufhin systematisch ausgegraben. Dabei zeigte sich eine für römische Militäranlagen außergewöhnliche Form, nämlich die eines unregelmäßigen Trapezes. Das einzige Tor lag etwa mittig an der Flussseite des Kastells hinter einem 8 m breiten Wehrgraben. Typisch für die spätantike Bauweise sind die fächerförmigen Türme an den Ecken des Kastells. Errichtet wurde er vermutlich um 300 n. Chr. Im Lauf des 5. Jhs. erfuhr das Areal eine Umnutzung. 

Etwa 2,6 Kilometer östlich des Kastells Boiotro liegen die konservierten Überreste eines spätantiken Wachtturmes, auch als Burgus bezeichnet. Der quadratische Grundriss und die Seitenlänge von etwa 12 m sind vergleichbar zu den Wachttürmen (burgi) in der Wachau. Die Errichtung erfolgte vermutlich im 4. Jh., genutzt wurde er auch noch im 5. Jh. Im Mittelalter wurden sowohl ein Ziegelbrennofen als auch ein Kalkofen in das Mauergeviert eingebaut.